RUA | 使用R进行聚类分析 #

RUA（use R for Unlimitedly Analysis）系列，系统发育树的本质可以理解为聚类分析，此处，我们使用一些连续性数值进行聚类分析，可以方便直观地看出个体之间在所选取数据上的相互关系。

计算数值 #

对已知数据的计算

setwd("C:/Users/月季花中的星辰/Desktop/R Phylo") #设置路径
Data = read.table("data.txt") #读取文件,定义
dists = dist(Data,method = "euclidean") #设置欧氏距离，来进行分析
hc = hclust(dists, method = "ave") #方法是average

树的展现 #

第一种展现树的方式

dend = as.dendrogram(hc)
plot(dend, type = "rectangle", ylab="Height", main="Cluster Dendrogram")

第二种展现树的方式

install.packages('ape') #第一次使用请安装
library(ape) #载入ape包
class(hc) #nc是你使用的hclust的定义
tree = phylo(hc)
my_tree =as.phylo(hc)
write.tree(phy=my_tree, file="tree.newick") #设置的路径内找到

原理 #

施工中

引用 #

Zhang G. 2020. Clustering by R. malacology.net [Access Time]