Phylogentic Software

系统发育 #

在将序列放入系统发育的计算软件(e.g. MrBayes, RAxML-NG, PAUP* 等)前,应当先对序列进行一定的处理,具体流程是先进行比对(MAFFT),再进行保守区的选择(GBlocks),之后饱和度检验(DAMBE,Tracer),再是最适模型的选择(jModelTest、ModelTest-NG)。

种群遗传 #

首先用 DnaSP 计算 SNP (single-nucleotide polymorphism),之后使用 Arlequin 或者 dnasp2popart 的 Python 脚本进行转换,输入到 popart 做网状图。

形态测量学 #

使用 tpsDig tpsUtil 对 tps 文件写入图像等相关信息,再使用 MorphoJ 进行统计学相关计算。