popart

popart #

获取数据 #

将 arp 文件 [[Samples]] 以及之前的所有内容删除

使用 python脚本 转换

转置后得到相关和数据生成的 CVS 粘贴到 vim

转换数据 #

主体数据 #

例如 ex.hap

转换到 fas 的 vim  操作

:%[email protected]^@>@g
:[email protected][空格最多的]@\[email protected] [依次递归执行]

然后修改 ex.hap 为 ex.fas 

EasyCodeML Tools > Seqformat Convertor

将 fas 文件转化为 nex 文件

频率部分 #

cvs 粘贴到 vim 中,使用如下命令

:%[email protected]\[email protected],@g
:%[email protected],@ @

将地点 Labels 粘贴到 TraitLabels 后面,把 NTraits 改为地点分组数。

Begin Traits;
Dimensions NTraits=5;
format labels=yes missing=? separator=Comma;
TraitLabels IC SC UK EU NA;
MATRIX

数据分析 #

File > Open 打开文件

Network > Median Joining Network 分析数据

图标 change color theme

View > Switch to map view 查看分布频率图