RAxML-NG

raxml-ng #

RAxML-NG 是一个比 IQTREE 不可重复率低的最大似然法软件,参见 Shen et al. (2020)

基本使用 #

raxml-ng --all --msa fas文件 --model GTR+G4 --prefix 名称 --bs-trees 1000

-msa 比对好的序列文件

--model 模型,可以参照 modeltest-ng 的输出,也可以指定文件进行分区。 对于形态学数据,可以使用 MULTI012_MKMULTI012_GTR012 是特征的状态,可以更改; MK GTK 是模型。

--prefix 前缀

--bs-trees BootStrap 树的个数

分区文件 #

示例

TIM2,	part_1 = 1-100
GTR,	part_2 = 101-579

输出文件 #

bestTree 是最优树,support 是最优树有 bootstrap 数值标注。