Parsimony

Maximum Parsimony #

Sankoff Algorithm #

已知 4 个罚分矩阵 \( \vec {scoreA} ; \vec {scoreC} ; \vec {scoreT} ; \vec {scoreG} \)

示例: \( \vec {scoreA} = \{A-A, A-C, A-T, A-G\} \) ,A-C 为 A 到 C 过程的罚分

\(min\) 为取矩阵最小数值元素的函数, \(T\) 为树末端, \(N\) 为内部节点

\[\vec {score_{N_i} }= \vec{score_{T_1}} + \vec{score_{T_2}}\] \[\vec {score_{N_{i+1}}}=\vec{score_{N_i}}+min(\vec{score_{N_i}}+\vec{score_{T_3}})\]