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RUA | 使用DECIPHER比对序列

RUA(use R for Unlimitedly Analysis)系列,DECIPHER据说是比MAFFT更为精准的比对包,但是实际使用体验却觉得比较麻烦,因为不允许gap的出现。

安装

这里需要耗时很久。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DECIPHER")

载入对序列进行比对

注意大小写,不然会出错。

library(DECIPHER)
fas = "16S.fas" #此处名称自己修改
dna = readDNAStringSet(fas) #读取序列,注意不能存在“-”等gap
DNA = AlignSeqs(dna) #比对序列
writeXStringSet(DNA, file="16Sout.fas") #我的习惯是加个out表示比对完

引用

Zhang G. 2020. Align Sequence by DECIPHER. malacology.net [Access Time]

Last updated on 6 Dec 2020
Published on 6 Dec 2020

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